R：在 RStudio 中，我如何将 knitr 输出到不同的文件夹以避免弄乱我的驱动器？ ...

admin

<h2>R: In RStudio how do I make knitr output to a different folder to avoid cluttering up my drive?</h2>
<div id="fc">
! P, ^7 L/ l+ `( B0 B1 C<p><center> </center></p>
2 X  u/ T8 s, q, m+ I# }2 K<p>我正在使用 RStudio 的 knit HTMl 函数来输出一些演示文稿。但它总是将文件输出到我当前的工作目录。如何将其输出到另一个目录，以便我的目录干净，只有原始 .rmd 文件？</p>
<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
+ U, G. h+ i, n8 S1 T                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
! \$ D, ^4 g2 ~! v7 l5 C                        <span class="xTitle"></span>
                        相关讨论
) Y" y( y" i0 }. d                        <div style="clear: both;"></div>
+ r6 N+ l9 r' U; Q: N  Y' U                </div>
0 Y7 k3 a# H6 q                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
; s$ J% R( r$ t# j+ X$ p# W<ul>
<li>您需要使用 knit HTML 按钮吗？如果没有，你可以做 <wyn>rmarkdown::render('my.Rmd', output_file = 'folder/my.html')</wyn>
; m4 k0 f0 K4 i# z1 V3 f  Z! U</li>
<li>
另见：github.com/ropenscilabs/ezknitr</li>
: t# B9 {; G6 B8 x& L</ul>
<p></p></div>
        </div><p></p></div>
) G3 D% }. ~) e. N/ j  a<hr>
% W* y* `/ r$ R0 o% d<p>Rmarkdown 中提到的将输出文件定向到目录中的技巧对我有用。</p>
<p>示例：将以下内容添加到 YAML 前导作为顶级项，以将输出写入 <wyn>pdf/</wyn> 子目录：</p>
<div class="codecolorer-container text dawn" style="overflow:auto;white-space:nowrap;width:100%;"><table cellspacing="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td class="line-numbers"><div>1<br>2<br></div></td><td><div class="text codecolorer">knit: (function(inputFile, encoding) {<br>
  rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_dir ="pdf") })</div></td></tr></tbody></table></div>
4 A0 O* e, @  k& h: K* [4 d  k<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
! @8 i  d  W8 O& I8 f6 F5 v, W                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
- H8 q7 }3 L4 n$ [% D: B% m& |, P                        <span class="xTitle"></span>
                        相关讨论
/ s+ L- x/ S& d- {                        <div style="clear: both;"></div>
                </div>
                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
6 ?) i2 x6 W! L4 m# a<ul>
  R* e5 k: |4 b5 w; Q2 v<li>
8 K4 w  W3 q! i) t& b9 X* G0 o8 J这会以任何方式改变工作目录吗？我刚刚在我的prolog中添加了一个类似的片段(指定 <wyn>output_file</wyn>)，但是当我通过编织按钮编织文档时，不知何故不再找到某些对象。当我在prolog中注释掉新行时，一切正常。
& y2 H/ f: x9 V7 W5 X; K3 v</li>
' `7 H6 ~2 ~2 C) j, R/ T, P<li>
; r7 j* b2 i" P% @@stats-hb：我不知道，但是您可以使用包含显示 <wyn>getwd()</wyn> 的块的文档对其进行测试。
, f+ u) P/ y( J& _9 ], W0 a5 p" D</li>
<li>
2 y. {( Y0 h: V7 y" j! L这对我有用，它不会改变工作目录。谢谢。
% t  @! r+ k( w) \( \/ Y: n</li>
& [- L9 m% d7 O<li>
是的，这很完美。非常感谢！
$ e0 x- \8 Z. l# E</li>
- P7 V4 M0 p3 K; U3 A* i<li>
@stats-hb 似乎它使用了 Knitr 默认值，其中 knit 目录是 .rmd 所在的位置，即使您使用 knit 按钮旁边的下拉菜单更改了 knit 目录也是如此。我将 <wyn>knit_root_dir = rprojroot::find_rstudio_root_file()</wyn> 添加到 <wyn>render</wyn> 调用中，它可以将 knit 目录设置为项目目录</li>
</ul>
: @, ]% T# ?) p2 n$ v5 }3 [0 O- u<p></p></div>
        </div><p></p></div>
/ f9 D9 _3 e3 V3 X. o* Q<hr>
<p>正如 Eric 在评论中指出的那样，如果您愿意放弃 Knit HTML 按钮的便利性(它会生成与您的 <wyn>.Rmd</wyn> 一起存在的 HTML 文件)，您可以直接调用 <wyn>rmarkdown::render</wyn>。</p>
<p>然而，如果你真的需要自定义你的工作流程，你可以覆盖 Knit HTML 按钮来运行你通过 <wyn>rstudio.markdownToHTML</wyn> 选项运行的任何命令。此命令可以使用特定选项(例如输出目录)调用 rmarkdown 并执行其他预处理或后处理任务。此处的文档：</p>
6 T6 w: \! L9 u4 \0 K<p><center> </center></p>
<p>https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552186-Customizing-Markdown-Rendering</p>
8 X  W2 ?  X7 f0 |  p; R# V<p>请注意，设置 <wyn>rstudio.markdownToHTML</wyn> 选项将关闭 RStudio 中一些较新的 RMarkdown V2 集成功能，因为 RStudio 将不再能够推断正在使用什么引擎来呈现文档。 </p>
, u. z) }, k& r, L% B<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
& N7 T5 \6 q+ f. _+ A! _( K% M4 f# A                        <span class="xTitle"></span>
. {% G+ n" A1 N, j$ V                        相关讨论
3 A0 a2 ~. L% b% O                        <div style="clear: both;"></div>
                </div>
9 @* f0 A) E9 U6 B                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
, k5 ?/ @( g- x7 w9 d3 F8 K3 \<ul>
' O$ ?$ I  r2 C' z2 a1 \<li>我仍在为此苦苦挣扎(试图让所有中间/结果文件转到 <wyn>/output/</wyn>，我很想使用 RStudio 按钮。你能提供一个 MWE 吗？不幸的是，上面的 rstudio 文档链接是付费墙或其他东西.
</li>
<li>
3 N$ o8 k) _2 `8 R% A6 a链接现在失效了。
3 l6 H9 S7 i4 R5 ]6 Y</li>
<li>
0 M' @$ M1 `- B: E这里是存档页面：web.archive.org/web/20150920182851/https://support.rstudio.c??om/...
</li>
. ]7 x7 P* n1 r# ~9 I! }, P  B</ul>
<p></p></div>
        </div><p></p></div>
<hr></div>